乳癌の内因性サブタイプ（intrinsic subtype）は，組織検体から抽出されたcDNAを用いてマイクロアレイ遺伝子解析を行うことにより得られたものです。当初は4つのクラスターに分類されていましたが，その後の改良によってluminal A，luminal B，HER2 ＋ /ER-，basal-like，normal breast-likeの5つの亜型分類が提唱され，予後とも相関があることが明らかになりました。それらは正常上皮の分化過程におけるさまざまな段階の細胞を起源とするとしており，由来となる上皮によって，性格が異なる乳癌が発生するものと理解されています。