マルチプレックスPCRあるいは核酸増幅検査（NAAT）は，1度の反応系で複数の標的核酸を同時に検出できる．非特異的な症候から原因病原体を絞り込む際に有用で，限られた検体量で幅広い病原体を検索できる．呼吸器検体における代表的な体外診断用医薬品はBioFire® FilmArray® またはBioFire® SpotFire® であり，その他の研究用試薬も複数存在する．本項では，これらの検査で検索可能な病原体，性能，臨床応用時の留意点を概説する．多病原体の検出が可能となった一方で，得られた情報の臨床での活用法は今後も検討課題である．