公共の遺伝子発現データの二次利用

「Summary」遺伝子発現量データは実験計画, 測定方法, データの処理方法などのさまざまな条件に依存しており, 遺伝子配列データに比べてデータの二次利用が難しい. しかし, データ量の爆発的な増加や, 付加情報の整備, 関連するウェブツールの充実化を受けて, 簡便に解析を行える環境が整ってきた. その結果, たとえば「ある疾病で発現量が上昇する遺伝子」は, 公共データで容易に調べることができるようになった. 本稿では, 非小細胞肺癌の組織型についての情報を得ることを例として, 以下の解析フローを紹介する. (1)遺伝子発現のデータベースGEOにてマイクロアレイ実験を検索し, 変動遺伝子リストを取得する (2)Excelを用いた遺伝子の絞り込み (3)共発現データベースCOXPRESdbを用いて遺伝子ネットワークを描画する 「はじめに」近年の医学生物学研究では, 頻繁に大量データを取り扱うようになった.

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