H. pylori感染は胃癌，胃・十二指腸潰瘍，胃MALTリンパ腫などの消化器疾患のみならず，血小板減少性紫斑病，慢性蕁麻疹などのさまざまな疾患と関連がある。また，PPIの長期投与によっても認知症や慢性腎不全，骨粗鬆症などの問題が指摘されており，胃内pHの環境変化やH. pylori感染に伴う腸内細菌叢の変化が，さまざまな疾患と関連している可能性がある。今後，腸内細菌叢とH. pylori感染の関連性のさらなる研究の進歩が期待される。