近年，腸内細菌叢の乱れ（dysbiosis）とさまざまな疾患との関連が明らかになってきており，最近の研究で，アレルギー疾患患者の腸内細菌叢の多様度の低下や，特定の細菌の増加や低下するdysbiosisが存在することが明らかになり，腸内細菌叢の成立過程で制御性T細胞の機能に影響を及ぼすことなど，腸内環境がアレルギー発症に関わる免疫メカニズムも解明されてきている。また，便移植療法（FMT）がdysbiosisに関わる疾患に対する根本的治療方法として，幅広く研究が行われている。今後，アレルギー疾患と腸内細菌叢の関連がさらに解明されることで，FMTなどの腸内細菌療法が，アレルギー発症の予防や増悪期の根本的治療法の選択肢として期待される。