マクロライド耐性の百日咳菌は，23S rRNA遺伝子のA2047G変異を認め，マクロライドの作用部位に結合ができないので薬剤耐性化する．1994年米国のアリゾナ州で初めてマクロライド耐性が報告された1)．それ以降，世界的に散発的な報告がみられた2)．耐性株が広く流行したのは中国で，中国北部の2000～2008年の菌株はすべてマクロライド感性だったが，2013～2014年にはマクロライド耐性株が91％で検出された3)．国内では，2018年6月に東京，7月に大阪で1例ずつ報告されていて，それぞれ別のルートで中国からの輸入株とされる4,5)．2020年からの新型コロナウイルス感染症（COVID-19）の対策で百日咳の流行は低く抑えられていたが，2024年の秋頃から国内で流行しはじめて2025年にかけて，2018年に全数報告疾患となって以来の最大の流行となっている．マクロライド耐性百日咳菌は，茨城，東京，大阪，兵庫，鳥取，沖縄で報告されている6-12)．