2000年に日本ヘリコバクター学会から「H. pylori感染の診断と治療のガイドライン」が発表された。当時H. pylori除菌は保険適用されていなかったため，後の保険適用を見据えて胃・十二指腸潰瘍をH. pylori除菌を勧める疾患とした。2003年に除菌が保険適用になり，胃MALT（mucosa associated lymphoid tissue）リンパ腫を除菌を勧める疾患に加え，適応疾患や診断・治療法についての記載を追加した。2009年に大きく変更を加え，世界に先駆けてH. pylori感染症であれば除菌治療の適応になるとした。それから7年が経過し，2016年に最新版に改訂している。2016年版では「Ⅰ 適応」，「Ⅱ 診断法」，「Ⅲ 治療」という項目のほか，「提言 胃癌予防」の項目を追加した。