ヒトの腸管内には多種多様な腸内細菌が生息しており，その数は数百種類以上でおよそ100兆個にもおよぶ．これら腸内細菌が腸内にびっしりと生息している様子が花畑を連想させることから，腸内細菌全体を「腸内フローラ」と呼ぶ．腸内フローラは単に腸内に生息しているだけでなく，腸内で代謝発酵を行うことで宿主にアミノ酸やビタミンの供給をしたり，長寿に関連するポリアミンを産生したり，大豆イソフラボンであるダイゼインを代謝することで，女性ホルモン様物質として知られているエクオールを産生したりもする．他にも腸内フローラは，腸管の上皮細胞や神経細胞，内分泌細胞と相互作用することで，複雑な腸内生態系，すなわち「腸内エコシステム」を形成している．