胃酸は強酸で，肉をズタズタにして消化を助けるだけでなく，非食事時にも基礎分泌があるので口や腸からの菌を殺す役割があると考えられます。高蛋白食で胃酸分泌が起きますが，胃壁細胞に残ったHCO3は血液中から尿中に捨てられるのでアルカローシスにはなりません（腸の血管作動性腸管ペプチド（VIP）が促進）。しかし，嘔吐などで胃酸を外界に喪失すると代謝性アルカローシスになることがあります。一方，胃酸は胃食道逆流症（GERD）や消化性潰瘍の元凶で，またピロリ菌のように胃酸があっても駆除できない細菌もいます。したがって，プロトンポンプ阻害薬で常時胃酸分泌を抑えているGERD患者でも特に不都合はないようです（稀に細菌性腸炎）。