ヒト消化管には多くの細菌が定着していることが明らかになってきているが，多くは常在菌と考えられ病原性を有するものはごくわずかと考えられてきた。定着の場所としては大腸と口腔内がその代表であり，口腔内には700種類以上の細菌が約1兆個，大腸には3,000種類以上の細菌が約100兆個も存在するといわれている。これら細菌の集まりは草むらに例えて細菌叢，あるいは花畑に例えてフローラと呼ばれている。