近年の遺伝子解析により多くの炎症性腸疾患（inflammatory bowel disease：IBD）の感受性遺伝子が発見されている。その遺伝子異常を背景に食事の影響など環境因子が関わることにより腸管粘膜免疫の異常な活性化が起こることが想定されている。特に，近年では腸内細菌の解析技術が進み，その分野での基礎・臨床研究の進歩が目覚ましい。腸内細菌は，腸管上皮パネート細胞や腸管免疫担当細胞に影響を及ぼし，IBDの病態形成に関わることを示すデータが得られている。