幼児期のH. pyloriをはじめとする種々の感染症が減少することにより，免疫機構が変化し，アレルギー疾患が増加する可能性が指摘されている。しかしH. pylori感染と成人発症のアレルギー疾患との関連性は否定的な論文が多く，除菌の効果についても十分なエビデンスがない。現行の除菌により，次世代へのH. pylori感染率の低下に拍車をかけアレルギー疾患の増加に関与する可能性は否定できないが，除菌によりアレルギー疾患が発症し増加するとは考えにくい。
「はじめに」衛生環境の改善により，幼少期のH. pyloriをはじめとする種々の感染症が減少することにより，免疫機構が変化し，アレルギー疾患が増加する可能性が指摘されている。細胞性免疫にはTヘルパー（Th）1細胞が，IgEの関与する気管支喘息などの液性免疫にはTh2細胞が優位に関与する。