電子顕微鏡は真空中の電子線を利用する顕微鏡であり，最も分解能が優れた観察機器である．電子顕微鏡から得られる情報は，微細構造，元素分布，特定の蛋白や酵素活性の微細局在，さらには細胞機能にまで及ぶ．光学顕微鏡により，組織切片のさまざまなものを可視化する方法を組織化学と呼び，酵素抗体法，免疫組織化学，in situ ハイブリダイゼーション，オートラジオグラフィなどがあげられる．このような各種の組織化学は電子顕微鏡にも応用することができる．本稿では，光学顕微鏡の組織化学を概説した後，電子顕微鏡の種類と用途，特に一般の微細構造だけでなく免疫電顕や電顕オートラジオグラフィといった応用手法について，筆者らの所見をご紹介する．