マルチプレックスPCR法により，同一検体を用いて同時に多病原体の検出が可能となった．特に全自動化されたマルチプレックスPCR法は，短時間で，高い感度と高い再現性により臨床の現場で普及しつつある．特に中枢神経系感染症や血液培養陽性例での応用は，患者の予後や抗菌薬適正使用にもつながることが期待されている．呼吸器感染症を対象にしたマルチプレックスPCR法は，今後，疫学データの蓄積に大きな役割を果たしていくものと期待される．PCR法は感度が良いため，同一検体から同時に複数の病原体遺伝子が検出される場合があることから，PCR法による定性結果については，疫学的，臨床的な観点から慎重に解釈することが求められる．