間質性膀胱炎に保険適応される内服治療薬は現在なく，ガイドライン上も「推奨グレードB（行うよう勧められる）」を獲得しているのはアミトリプチリンのみである。よって，慢性疼痛症や自律神経失調症による不定愁訴に対する内服治療薬で対応するしかない。内服療法はそれぞれの慢性疼痛症の局所療法への相乗効果がある。さらに，軽症の場合は内服治療だけで症状をコントロールすることが可能である。内服薬には，おもに末梢性感作を治療するガバペンチノイド，おもに中枢性感作を治療する抗うつ剤，オピオイド類，その他の内服薬，漢方薬などに分類されるが，いずれも単独使用よりは併用のほうが効果的と考えられる。